W literaturze poświęconej Lipnicy Wlk. nierzadko podaje się, że 20 września 1359 r. król Kazimierz III Wielki wydał we Wschowie w Wielkopolsce akt fundacji kościoła parafialnego pw. Najśw. MP w Lipnicy Wielkiej. Znajdujący się jednak w Muzeum Diecezjalnym w Tarnowie „dokument” jest uznawany przez historyków za – posiadający wprawdzie pozory autentyczności zwłaszcza w warstwie fizjograficznej, ale jednak dość zręczny nowożytny falsyfikat!
Jan Długosz, opisując stan posiadania biskupstwa krakowskiego w II połowie XV w., podał, że w Lipnicy Wlk. znajdował się już wtedy murowany kościół parafialny pw. Narodzenia NMP, którego kolatorem był miejscowy dziedzic Jakub Trzecieski herbu Strzemię.
Współczesna tablica historyczna umieszczona przed wejściem głosi, że w I połowie XV w. kościół został „sprofanowany przez arian”, a przywrócony katolicyzmowi przez Stanisława herbu Strzemię Trzycieskiego (Trzecieskiego), którego renesansowy nagrobek z płaskorzeźbą leżącego rycerza, ufundowany w 1556 r. przez siostrę zmarłego Agnieszkę i jego krewniaka Christophorusa (Krzysztofora) Pieniążka, jest wmurowany w wewnętrzną ścianę świątyni.
Na górze widzimy łaciński tekst o zmarłym, który zmarł w 1552 r., a dołem biegnie cytat z poezji nagrobnej z czasów Jana Kochanowskiego. W tym okresie literaci zarobkowali, pisząc właśnie głównie podobne panegiryki i epitafia. 18 tys. zł na niedawną renowację nagrobka i jego iluminację pochodziło z urzędu marszałka Małopolski.
Wizytacja tzw. kazimierzowska z 1595 r. stwierdziła, że kościół był konsekrowany, znajdowały się w nim dwa kielichy mszalne. Z okresu wizytacji biskupa Piotra Tylickiego w 1608 r. pochodzi opis kościoła – był jak na owe czasy duży, ale pusty (zapewne w sensie wyposażenia), o niemalowanych ścianach i powale z desek. Z kolei wizytacja z 1728 r. odnotowała, że murowany kościół był kryty gontem.
Jednonawowy kościół pw. Nawiedzenia NMP w Lipnicy Wlk. jest bardzo rzadkim w Małopolsce reprezentantem gotyckiego budownictwa kamiennego. WzniesionoGO
z kamieni rzecznych, wiązanych zaprawą gliniano-wapienną. Reliktami najdawniejszych czasów są gotycko-renesansowa kamienna chrzcielnica z 1556 r. oraz barokowe – kamienna kropielnica, drewniane rzeźby świętych oraz obrazy namalowane na deskach.
W 1889 r. do Lipnicy zawitał Stanisław Wyspiański z kolegą malarzem Józefem Mehofferem. Wędrowali po okolicy w poszukiwaniu obiektów zabytkowych i artystycznych. Wyspiański sporządził w tutejszym kościele rysunek chrzcielnicy z 1556 r. Sądząc po dacie, też pewnie została ufundowana przez wspomnianego Christophorusa (Krzysztofa) Pieniążka i jego żonę Agnieszkę Trzecieską, gdyż to ten sam rok, co na wspomnianym wyżej nagrobku Stanisława Trzycieskiego. Chrzcielnicę ozdobiono herbami: Strzemię Trzycieskiego i Odrowąż Pieniążków z Krużlowej.
Oprócz wspomnianego ściennego nagrobka Trzycieskiego w kościele jest posadzkowa płyta nagrobna Wojciecha Kisielewskiego z 1619 r., też już jednak obecnie wmurowana w ścianę kaplicy bocznej. W trakcie odnawiania kościoła w 1968 r. spod warstwy przemalowania nałożonej w latach 1770-75 odsłonięto na sklepieniu prezbiterium późnorenesansową polichromię z I połowy XVII w. Ołtarze, ambona i chór wykonane są w stylu rokokowym, podobnie jak 5 ornatów jedwabnych.
W nawie głównej znajduje się kilka tablic poświęconych kolatorom, m.in. Pawłowi Korabowi i Annie z Janickich Zdzieńskim z 1844 r., właścicielce ziemskiej Anieli Celestynie z Długoszowskich Bobakowskiej zmarłej w 1851 r. w Jasiennej oraz Michałowi Foltyńskiemu zm. w 1854 r. i Maryannie z Maszewskich zm. w 1876 r., którym tablicę poświęcił syn Józef.
Proboszcz ks. Albin Samborski w ciągu 25 lat przewodzenia parafii dokonał m.in. generalnego remontu, a częściowo nawet przebudowy kościoła (np. chóru), budowy dzwonnicy, restauracji rokokowych ołtarzy, rozlatujący się mur wokół kościoła został rozebrany i zbudowany na nowo. Niedawne odnowienie sklepienia kosztowało 80 tys. zł. Świątynia jest oślepiająco biała.
Trzy dzwony są już powojenne, odlane w ludwisarni Felczyńskich w Przemyślu. Stare (jeden jeszcze gotycki, a dwa renesansowe z 1523 r.) Austriacy zarekwirowali i pozyskane z nich żeliwo przeznaczyli na armaty. Ukryty i zakopany w ziemi zachował się tylko Urban, ale uległ pęknięciu i obecnie znajduje się w Muzeum Diecezjalnym w Tarnowie. W wolnostojącej dzwonnicy bramnej wisi jego replika.