Istniała tu już przynajmniej od 1336 r. Zaliczano ją wtedy do dekanatuNOWY SĄCZ
, w latach 1373-74 do dekanatu Siedliska, w latach 1470-80 ponownie Nowy Sącz, a w latach 1529 i 1596 do dekanatu Bobowa.
W latach 1336-37 świętopietrze, czyliPODATEK odprowadzany do Stolicy Piotrowej w Rzymie, wynosiło z tutejszej parafii 3 skojce (1 skojec = 1/24 grzywny = 2 grosze), a w latach 1338-57 i 1373-74 – 7 skojców. W latach 1350-51 i 1354-55 uposażenie plebana wyceniano na 1 grzywnę i 16 skojców.
Staropolski kronikarz Jan Długosz, opisując stan posiadania biskupstwa krakowskiego w II połowie XV w., podał, że ówczesna parafia, należąca wtedy do archidiakonii nowosądeckiej, składała się z Lipnicy, Żebraczki (traktowanej wtedy jako osobna wieś, a dzisiaj stanowiącej część Lipnicy), Bukowca i Jasiennej.
Na rzecz biskupstwa krakowskiego świadczono stąd dziesięcinę snopkową i konopną z łanów kmiecych w Lipnicy o wartości 30 grzywien. Była to poważna kwota, bo za jedną grzywnę można było nabyć krowę albo 8 par butów męskich z cholewami. Plebanowi należał się zaś (o)sep (danina w zbożu), mianowicie po korcu (1 korzec = ok. 45 litrów) żyta i owsa prawdopodobnie rocznie. Ponadto pleban mógł liczyć na dziesięcinę snopkową i konopną z 3 folwarków w Jasiennej i dziesięcinę pieniężną w wysokości 1 wiardunku (wiertela = ¼ grzywny = ok. 50 gramów srebra = 12 groszy) z sołectwa w Żebraczce.
W 1478 r. biskup akwilejski, legat papieski, prezbiter i kardynał Marek udzielił parafii w Lipnicy 100 dni odpustu. Zapewne uczynił to za jakąś okrągłą sumę, bo kwitł wtedy przecież handel odpustami… Z kolei w 1519 r. rozkwitł spór pomiędzy plebanem lipnickim Więcesławem Gwoździem a Kaliszem (Kalikstem) z Jasiennej o meszne (opłata za odprawianie mszy) z porzuconych ról w Jasiennej. Czy ktoś słyszał, żeby Kościół wyrzekł się jakichś roszczeń? Więc chyba nic dziwnego, że wyrok sądu biskupiego brzmiał: trzeba płacić!
W 1520 r. „sławetna” Barbara, żona mieszczanina i miecznika z Sącza, oraz pleban lipnicki ks. Więcesław Gwóźdź pokwitowali „szlachetnemu” Kalikstowi z Jasiennej, synowi zmarłego Piotra Franczucha, oprawę posagu i wiana zmarłej Małgorzaty, matki tejże Barbary i może samego ks. Gwoździa (byłby on bratem Barbary?), a także żony tegoż Franczucha, zapisaną jej na połowie Jasiennej.
W 1529 r. plebanowi trzeba było oddawać dziesięcinę snopkową z ról folwarcznych w Jasiennej o wartości 12 grzywien i 12 groszy, meszne w życie i owsie o wartości 11 grzywien z Lipnicy i Jasiennej oraz tylko 12 groszy z biednych Bukowca i Żebraczki, dziesięcinę pieniężną w wysokości 40 groszy od sołtysów w Lipnicy, Jasiennej i Żebraczce oraz jedną kopę (60, zapewne groszy) klerykatury (pokrycie utrzymania dla plebana) z tych wszystkich wsi.
Przed 1533 r. Tomasz Trzecieski z rodziny ówczesnych dziedziców podarował parafii sadzawkę we wsi. Przynajmniej od 1596 r. znajdował się przy kościele zaniedbany szpital (przytułek) dla starców, biedaków, chorych, pielgrzymów, wędrowców oraz tzw. dziadów, chodzących po prośbie od wsi do wsi. Został założony przez plebana Jana Ligęzę w domu o nazwie prebenda. Mieszkało w nim wtedy czworo stałych pensjonariuszy-szpitalników. Ok. 1760 r. ówcześni właściciele Lipnicy Grabowieccy przeznaczyli nań legat w wysokości 2000 zł polskich, dający 140 złp odsetek rocznie – przeznaczanych na utrzymanie przybytku. Składał się wówczas z sieni, dwóch izdebek z komórkami i piekarni z komorą.
W XVII w. parafia posiadała ok. 10 dzieł z teologii, kaznodziejstwa i literatury klasycznej. Przetrwały księgi parafialne z XVII w. pisane jeszcze inkaustem, ale ze względu na zabytkowy charakter przechowywane w Muzeum Diecezjalnym w Tarnowie. Natomiast najstarsza kronika parafialna spłonęła i w okresie I wojny światowej odtwarzał ją ks. Zygmunt Jakus.
Od 1935 r. proboszczem był ks. Jan Pyzikiewicz. W czasie okupacji był związany z ruchem oporu. Aresztowany i przesłuchiwany na gestapo w Nowym Sączu. Niemcy zgładziliGO w obozie koncentracyjnym Auschwitz-Birkenau. Co do zasadniczych faktów z życia ks. Pyzikiewicza panuje niezgoda: na tablicy w przedsionku kościoła odnotowano jego daty życia, podając 1901-1943, w folderze wydanym z okazji 650-lecia parafii napisano, że zginął w 1942 r., na stronie internetowej parafii znajduje się informacja, że aresztowano go w 1942 r., natomiast w innych źródłach podaje się, że jesienią 1943 r.
Po usamodzielnieniu się parafii w Jasiennej w 1932 r. i w Bukowcu w 1950 r. lipnicka obejmuje tylko macierzystą wieś, a nawet nie do końca, bo mieszkańcy domów stojących na skrajach, tradycyjnie uczęszczają do kościołów, do których mają bliżej – oprócz wymienionych także do Jankowej.
Proboszcz mieszka w nowej plebanii, bowiem stara z gankiem i uroczą werandą, datowana na ok. 1860 r. i rozbudowana przed I wojną światową, znajduje się w skansenie w Nowym Sączu (z Lipnicy Wlk. przeniesiono tam ponadto chatę krytą strzechą i wozownię).
Przy parafii istniał kiedyś zespół muzyczny, a następnie powstał chór Soli Deo Cantus, założony przez byłego (w latach 2008-11) wikarego ks. Marcina Minorczyka z Tarnowa, a prowadzony przez nauczycielkę Marię Kiełbasę, żonę wicestarosty nowosądeckiego. Chór był np. laureatem ogólnopolskiego festiwalu kolęd i pastorałek w Będzinie.