Parafia założona została w 1300 r. Wchodziła w skład dekanatu nowosądeckiego, zaś oprócz Czarnego Potoku należały do niej Młyńczyska. Pierwszym znanym z imienia plebanem był Piotr, który wymieniony jest w latach 1325-27. W 1328 r. parafia uiszczała świętopietrze, czyliPODATEK
kościelny na rzecz Stolicy Piotrowej, w wysokości 2,5 skojca (skojec – odpowiednik 1/24 grzywny = 2 grosze). W latach 1335-54 świętopietrze wzrosło do 5 skojców.
W latach 1470-80 kronikarz Jan Długosz odnotował, że biskup krakowski otrzymywał z Czarnego Potoku dziesięcinę snopkową i konopną o wartości 4 grzywien z łanów kmiecych, zagród i karczem, zaś z folwarku plebańskiego tylko snopkową o wartości 3 wiardunków (wierteli, stanowiących ¼ grzywny = ok. 50 gramów srebra = 12 groszy). Długosz wspomina także o jakiejś posiadłości rycerskiej, z której dziesięcinę płacono miejscowemu proboszczowi. Pleban, oprócz plonów z własnych ról i łąk, dostawał także od parafian odsyp w ilości 12 miar strączkowych i owsa.
W 1529 r. biskupowi należała się dziesięcina snopkowa o wartości 6 grzywien, ale nie tylko z samego Czarnego Potoku, lecz łącznie z Owieczką, Świdnikiem i Wolicą (obecnie część Podegrodzia), zaś plebanowi snopkowa z ról folwarcznych i 3 zagród. Temu ostatniemu również meszne (opłata za odprawianie mszy) w wysokości jednej grzywny i 8 groszy oraz stołowe w wysokości 3 groszy.
W 1718 r. pożar pochłonął plebanię razem ze wszystkimi zgromadzonymi w niej dokumentami. Dlatego kronika parafialna zaczyna się właśnie w 1718 r., a księgi metrykalne zachowały się od 1768 r. Od 1824 r. do parafii włączono Jadamwolę, Jastrzębie i Olszanę.
Przedostatnim (na razie) proboszczem był ks. kanonik Józef Słowik. Ten późniejszy kustosz sanktuarium i rezydent w parafii został także kapelanem szczawnickiego oddziału Związku Podhalan. Zamieszkał nie w plebanii, lecz w okazałym budynku, który pełni także funkcję domu parafialnego. Budowany był z rozmachem z przeznaczeniem na katechezę, ale od kiedy odbywa się ona w szkołach, dysponuje poważnymi rezerwami powierzchni – pustostanami. Z uwagi na garaże, do których wysokie bramy umieszczone są na ścianie frontowej, dom parafialny myli się przyjezdnym z remizą…
Drzewo rosnące obok kościoła jest zdaniem miejscowych najstarszą i najgrubszą lipą szerokolistną w Polsce. W jej ok. 500-letnim pniu o obwodzie ok. 8,5 m znajduje się dziupla, do której prowadzi otwór wysoki na 1,2 m i szeroki na 50 cm. Umieszczono w nim figurę Matki Boskiej z Dzieciątkiem wyrzeźbioną przez nieznanego artystę ludowego z XVIII w. Wydrążenie powstało wskutek wypalania wnętrza pnia, gdyż kiedyś wierzono, iż węgiel drzewny leczy paradontozę.
Od 2006 r. pomiędzy głównym wejściem do kościoła a ołtarzem polowym stoi figura Jana Pawła II. Ten pomnik papieża-Polaka wyrzeźbił dr Jacek Kucaba z Tarnowa.
Parafia nadal oprócz Czarnego Potoku obejmuje Jadamwolę oraz części Jastrzębia i Olszany. Parafianie są zatem mieszkańcami aż trzech gmin i dwóch powiatów: Łącko i Podegrodzie w powiecie nowosądeckim oraz Łukowica w limanowskim.
Od 2008 r. proboszczem jest ks. Leszek Babraj. Znajduje upodobanie w intonowaniu pieśni. Jako postać słusznej postury potrafi wydobyć z przepony głęboki (de profundis) baryton. W zakrystii ma garderobę – dwie szafy ciasno wiszących ornatów w całej palecie kolorów: zielone, niebieskie, różowe, liliowe, srebrne, złote… A każdy kolor reprezentowany jest przecież w bogatej gamie odcieni i tkanin – od matowego sukna do lśniących brokatów haftowanych złotą nicią. Tej imponującej kolekcji sukien (niektóre pochodzą z XVIII w.) nie powstydziłby się największy elegant w historii polskiego Kościoła katolickiego – zmarły kilka lat temu kapelan „Solidarności”, ks. prałat Henryk Jankowski od św. Brygidy w Gdańsku.
Plebania zagrała w serialu telewizyjnym „Polskie drogi”, w odcinku, w którym podchorąży Niwiński grany przez Karola Strasburgera przyjechał z Warszawy po archiwum polskiego wywiadu zakopane w 1939 r. w obliczu klęski wrześniowej w ogrodzie dziedziczki.
Na początku okupacji niemieckiej proboszczem był ks. Franciszek Dyda, wcześniej inicjator OSP. Nie działał w konspiracji, ale hitlerowcy i tak przyszli po niego. Gdy zobaczył, że się zbliżają, powiedział do wikarego ks. Tomasza Leśniaka ze Stronia k/Przyszowej, żeby uciekał i sam dał drapaka przez okno w sad. W latach 1941-45 ukrywał się w Jastrzębiu u gospodarzy Chyclaków. Natomiast ks. Leśniak nie posłuchał i nie uciekł. Gestapo zamęczyłoGO w Nowym Sączu na śmierć, miejsce jego pochówku jest nieznane.