Decyzję o budowie kościoła w Gołkowicach Górnych podjął ówczesny ordynariusz tarnowski ks. Leon Wałęga i zadanie to powierzył w 1910 r. ks. Andrzejowi Jarochowi, wikariuszowi z Podegrodzia. Świątynia stanęła na ziemi podarowanej przez Franciszka i Rozalię Florków, pochodzących z Opalanej (obecnie przysiółek Gabonia), ale zamieszkałych już w Gołkowicach Polskich.
Budowa drewnianego kościoła, który zaprojektował sam ks. Jaroch, zaczęła się po żniwach – 3 września 1911 r., przebiegała raźno i zakończyła się trzy miesiące później. Prace wykończeniowe trwały jednak do 1914 r. Obok znajdują się: murowana wolnostojąca dzwonnica z trzema dzwonami (dwa z nich noszą imiona Antoni i Stefan) oraz od 1998 r. zadaszony pomnik patrona parafii św. Antoniego Padewskiego autorstwa Józefa Lizonia z Rogów.
Aktualny proboszcz ks. Koszyk objął parafię z misją wybudowania następnego kościoła. Projekt nowego przyjęto w 2006 r. w plebiscycie parafian. Spośród 6 konkurencyjnych zwyciężyła (341 głosami na 506 oddanych) koncepcja architektów Mirosława Trzupka i Ewy Szajny z Biura Projektów TRZ z Nowego Sącza. Jednonawowa świątynia na planie eliptycznym ma nawiązywać formą do roślinności Przehyby, konkretnie inspirowana jest wyglądem chabrowego kwiatka o nazwie bodziszek łąkowy. Ma 43 m długości, 31 m szerokości i 41 m wysokości, a ponad nią zaprojektowano jeszcze 7-metrowy krzyż. Obok znajdzie się wolnostojąca dzwonnica. Na miejsce budowy wybrano rozstaje dróg w stronę Przehyby i Łazów Brzyńskich. Wznosi się już tam charakterystyczna bryła. Dach w typie namiotowym kryto blachą miedzianą w latach 2013-14.
W podziemiach o powierzchni aż 1500 m kwadr. i wysokości 5 m znajdzie się sala teatralno-widowiskowa. Obok gmachu stoi ażurowy, w nocy iluminowany krzyż projektu pracownika podegrodzkiej firmy Kryształ Dominika Chmielewskiego z Nowego Sącza.