Prowadzone tu w latach 50. XX wieku przez prof. Uniwersytetu Jagiellońskiego Andrzeja Żakiego wykopaliska przyniosły ceramikę i monety „z czasów wpływów rzymskich”.
Legendy prawią, że tutejsze wzgórze Gródek nie bez powodu nosi tę nazwę, gdyż stało na nim warowne grodzisko albo może nawet zamek, należący ponoć do „sołtysa klarysek starosądeckich”, jak twierdzi się w „Katalogu zabytków sztuki w Polsce” WARSZAWA
1951). O tym obiekcie wspomina także prof. Politechniki Krakowskiej Janusz Bogdanowski w pracy „Średniowieczne dzieła obronne w Karpatach polskich”, opublikowanej w „Acta Archaeologica Carpathica” w 1966 r. Rzeczywiście znaleziono tam resztki ruin i wałów ocenianych na XIV w. Ponoć w drugiej połowie XIX w. było tego znacznie więcej, ale mury zostały do cna rozebrane przez okoliczne chłopstwo i wykorzystane do budowy piwnic. No i oczywiście, nie mogło się obejść bez legendy o ukrytych tam skarbach strzeżonych przez węża-giganta, anakondę chyba jakąś…
Pierwsza pisemna wzmianka datowana jest na 1293 r. Wprawdzie dotyczy ona nowo założonej wsi Olszana, która graniczyła z posiadłością Pawła, syna Trzeby – „ministri” księżnej Gryfiny, wdowy po księciu krakowskim Leszku Czarnym (1241-1288), posiadłością identyfikowaną aliści przez niektórych historyków właśnie z Czarnym Potokiem.
W 1317 r. wymieniono już Pawła z Czarnego Potoku, brata komesa (pana lennego i zarządcy okręgu grodowego) Świętosława. W 1325 r. powstał dokument dotyczący nadania pobliskiego Gabonia, czego świadkiem był Petermanus z Czarnego Potoku. W 1357 r. komes Grzegorz, dziedzic Czarnego Potoku, sprawował urząd prokuratora klasztoru klarysek w Starym Sączu.
W 1388 r. prawdopodobnie ten sam Grzegorz zapisał żonie Hance 100 grzywien wiana na Czarnym Potoku i Świdniku (obecnie w gminie Łososina Dolna). Możliwe, że owa Hanka została potem żoną Mikołaja z Czarnego Potoku, bo w latach 1398-1400 tak przedstawiona niewiasta sądziła się z niejakim Andrzejem z Janowic (parafia Opatkowice – nie wiadomo które, bo jest ich na południu Polski kilka) o 46 grzywien, 30 świń, 30 sztuk bydła i 5 koni.
W 1420 r. Anna, wdowa po Jakubie, wraz z dziećmi Andrzejem i Katarzyną, także z poręki nieletnich synów Ścibora i Piotra, sprzedali Piotrowi z Pisar Czarny Potok oraz pobliskie Jastrzębie i Wolę Jastrzębską za 130 grzywien srebra oraz konia o wartości 10 grzywien i postaw sukna angielskiego o wartości 7 grzywien.
W 1426 r. podkomorzy królewski Piotr z Rytra za 90 grzywien zastawił Czarny Potok Mikołajowi Nosowskiemu z Grabowej. Wieś należała wtedy do powiatu sądeckiego, w 1470 r. do powiatu w Wojniczu, a przynajmniej od 1581 r. ponownie do sądeckiego.
W 1445 r. Śmił z Markuszowej, najwidoczniej nadzwyczajnie szanowany obywatel, złożył przysięgę, iż dokumenty prawa niemieckiego dla wsi Kicznia, a także dobra sołtysie tamże i w Czarnym Potoku oraz żelazne narzędzia młynarskie, nie należały do Stanisława Kliszka z Czarnego Potoku i to wystarczyło, żeby oddalić roszczenia tego drugiego.
W 1470 r. bracia Żegota, Rafał i Piotr z Rytra podzielili między siebie wspólne dobra w ten sposób, że Czarny Potok przypadł drugiemu i trzeciemu na spółkę. Wiadomo, że przynajmniej ów Piotr Ryterski pieczętował się herbem Topór.
Kronikarz Jan Długosz w ósmym tomie „Liber Beneficiorum” z lat 1470-80 podał na str. 301, że wieś zamieszkana jest przez kmieci i zagrodników, mieści się tu kilka karczm oraz folwark rycerski, zaś pleban ma tu role i łąki.