Wybory w 2006 r. były pierwszymi, które zostały oprotestowane przed sądem. 10 stycznia 2007 r. Sąd Okręgowy w Nowym Sączu oddalił protest wyborczy komitetu wyborczego Piotra Lachowicza, kandydata PO na prezydenta Nowego Sącza.
Protestujący wnioskowali o unieważnienie II tury wyborów prezydenckich i nakazanie powtórzenia głosowania w okręgach, w których wyniki obarczone były wadami. W szczególności w okręgu nr 22, w którym – zdaniem protestujących – doszło do uchybienia formalnego przy powoływaniu pełnomocnika prezydenta. Sąd postanowił oddalić protest. W uzasadnieniu podał, że na podstawie zgromadzonego materiału dowodowego nieprawidłowości stwierdzone w komisjach obwodowych nie miały wpływu na ostateczny wynik wyborów. Ważność wyborów mogła być zakwestionowana w drodze protestu wyborczego wyłącznie z powodu przestępstwa przeciwko wyborom lub naruszenia przepisów ordynacji dotyczących ustalenia wyników głosowania lub wyników wyborów. Takie nie miały miejsca. W wyniku ponownego liczenia głosów w trzech wskazanych komisjach wyborczych, różnica między zwycięskim Ryszardem Nowakiem a przegranym Piotrem Lachowiczem zmniejszyła się z 47 do 41 głosów.
Werdykt utrzymał w mocy 14 marca 2007 r. Sąd Apelacyjny w Krakowie uznając, że nie ma podstaw do powtórnych wyborów prezydenta Nowego Sącza.
„Postanowienie krakowskiego sądu jest prawomocne. Uznajemy wynik wyborów” – stwierdził mec. Wojciech Gąsiorowski, pełnomocnik prawny nowosądeckiej PO.