Istnieje od chwili założenia wsi w 1324 r. Istnienie biblioteki parafialnej odnotowano tu już w XVI w. Parafia posiada udokumentowany wykaz proboszczów (dawniej – plebanów) z ponad czterech ostatnich wieków. Znane są zasługi niektórych z nich. Z inicjatywy XVIII-wiecznego proboszcza Tomasza Duszyńskiego odlano dzwon środkowy oraz wzniesiono wieżyczkę i kaplicę. Dzięki jego następcy Stanisławowi Pacolikowi pozyskano większy dzwon. XIX-wieczny Jan Augustyniak pomalował kościół, ogrodził obydwa cmentarze, wybudował dom plebański i budynki gospodarcze. Za Jana Jarzębińskiego wzniesiono nowy kościół. Już w czasach współczesnych paru proboszczów duszpasterzami w Mystkowie było bardzo długo: ks. kanonik Jan Kuklewicz bardzo angażował się w sprawy wsi i żył jej życiem przez 38 lat (1958-96), zaś ks. Jan Potoniec 35 lat (1923-58).
Parafia – razem z Mszalnicą – skupia 2300 dusz. Pięciu parafian zostało misjonarzami w egzotycznych krainach: jezuita o. Jan Kiełbasa – Zambia, o. Sławomir Kiełbasa ze Stowarzyszenia Misji Afrykańskich – Togo, natomiast redemptoryści o. Tadeusz Gieniec – Boliwia, o. Jan Marszałek – Burkina Faso, a o. Zenon Gieniec – Syberia.
Na terenie parafialnym znajduje się boisko, z którego korzysta szkoła. Stoją na nim dwie bramki: jedna sfinansowana przez gminę, druga – parafialna. Zimą młodzież ma w parafii do dyspozycji świetlicę z salą gimnastyczną, w której można pograć w piłkę, ale także wBILARD
czy pingpong. Świetlica jest środowiskowa i opłacana ze środków gminnych. Przy parafii założono nawet Uczniowski Klub Sportowy.
Wokół budynku znajduje się skwerek z brzozowym zagajnikiem, stawem, przez który przerzucony jest mostek oraz ścieżkami, przy których w sezonie stoją ławki. Są także zjeżdżalnie dla dzieci oraz zadaszenie, pod którym można grillować. Te wszystkie urządzenia wykorzystywane są zwłaszcza w wakacje, gdy odbywają się parafialne półkolonie.
Dumą parafii jest Raj Przedszkolaka Faustynka nazwany tak oczywiście od św. Faustyny. Proboszcz przy pomocy Wojciecha Łojana i Jarosława Kiełbasy z nowosądeckiej firmy Lex złożyłWNIOSEK i otrzymał fundusze unijne, dzięki czemu maluchy z Mystkowa i Mszalnicy otrzymały możliwość uczęszczania do przedszkola bezpłatnie. W jego funkcjonowaniu pomagają siostry zakonne – franciszkanki od św. Franciszka Serafickiego.
