Najstarsza szkoła stała w miejscu dzisiejszego przedszkola. Jednak z powodu wydłużania okresu nauczania i wzrastającej liczby dzieci miejsca na naukę ciągle brakowało. Toteż w połowie lat 50. wygospodarowano je w siedzibie mleczarni, która stała tam, gdzie dzisiaj ośrodek zdrowia, a także w murowanym budynku, w którym obecnie znajduje się sklep z materiałami budowlanymi.
Ten ostatni stanowił przede wszystkim mieszkanie kierownika. Jeszcze za czasów Mariana Cetnarowskiego kierownik miał w obejściu obórkę z krową, komórkę na kury i króliki oraz ogródek. Po śmierci Cetnarowskiego jego żona odeszła na kierowniczkę szkoły w Ptaszkowej. Uczyła przeważnie matematyki, ale oboje prowadzili przecież lekcje ze wszystkich przedmiotów.
W 1958 r. wybudowano szkołę w dzisiejszym miejscu na gruncie oddanym przez ówczesnego proboszcza ks. Franciszka Janika. Była to siedziba na miarę tamtych czasów. Klasy i korytarze ogrzewane były piecami kaflowymi. W małej sali gimnastycznej piec był za to ogromny: wysoki na 3 m, a szeroki na 4. Ale w mrozy i tak nikt nie ćwiczył, tylko wszyscy zziębnięci tulili się do ciepłych kafli. Dopiero w 1976 r. za dyrekcji Elżbiety Piotrowskiej zainstalowano centralne ogrzewanie. Na podwórku znajdowała się komórka ze sławojkami osobnymi dla chłopców i dziewcząt.
W 1991 r. rządy objął Stanisław Wanatowicz – pełni taką funkcję najdłużej w gminie Grybów. W 1993 r. jego szkoła jako pierwsza w gminie rozpoczęła naukę j. niemieckiego. Udało się to dzięki Silvii Elsner, rodowitej Niemce z NRD, która wyszła za krużlowianina Jana Taraska. W 1994 r. jako jedna z pierwszych na Sądecczyźnie wzbogaciła się o pracownię komputerową i rozpoczęła nauczanie informatyki. Dyrektor chodził po firmach lub instytucjach i używał fortelu: w każdej mówił, że ma już obiecane komputery i do szczęścia brakuje jednego. Na sfinansowanie pojedynczego godzono się chętniej niż gdyby prosił o kilka. Za tak zorganizowane pieniądze nabył w Optimusie 7 sztuk. Na pewno w wywieraniu wpływu pomaga mu też to, że bywał już w karierze nawet przewodniczącym Rady Powiatu Nowosądeckiego!
Do 1995 r. krużlowska szkoła miała filię w Chodorowej, ale z powodu małej liczby dzieci zlikwidowano ją, a dzieci przeniesiono do macierzystej placówki, co dodatkowo zwiększyło ciasnotę. Kiedy liczba oddziałów wzrosła do 18, podjęto decyzję o rozbudowie. Inwestycja rozpoczęła się w 1998 r. Ukończono ją rok później, ale nie podstawówka wprowadziła się do nowego skrzydła, lecz utworzone właśnie gimnazjum.
W 2003 r. stanęła przestronna sala gimnastyczna o wymiarach 24×15 m, lekkiej konstrukcji i parkiecie z Danii. Ponadnormatywnie ją poszerzono, dzięki czemu powstała antresola wykorzystywana jako widownia albo miejsce do umieszczenia atlasa do ćwiczeń siłowych oraz stołów pingpongowych. Decydujący wkład w powstanie hali miał krużlowianin Andrzej Chronowski, ówczesny minister skarbu, który naraił 60% środków.
Ponadto co 2-3 lata następował kolejny etap niwelacji wzgórza za szkołą i na wygospodarowanym w ten sposób miejscu tarasowo lokowano boiska, w tym asfaltowe do piłki ręcznej. Dzięki temu jest miejsce, gdzie młodzież także popołudniami i w weekendy może wyszaleć się fizycznie. Kosztem 35 tys. zł powstał plac zabaw dla uczniów zerówki i klas pierwszych.
Uczniowie pochodzą z Krużlowych Wyżnej i Niżnej oraz Chodorowej. Przed wojną uczęszczały także dzieci ze Starej Wsi. Placówka jest na lokalną skalę potęgą w sporcie: w koszykówce oraz w konkurencjach lekkoatletycznych.
Od 2009 r. patronem jest ks. Jan Twardowski. Zgłoszono 10 kandydatur, do ostatecznej rozgrywki stanęli ks. Twardowski, Jan Brzechwa i kawalerowie Orderu Uśmiechu, a w referendum uczniów, nauczycieli i rodziców bezapelacyjnie zwyciężył ksiądz-poeta.
Przed księdzem, od 1974 r. patronką była działaczka komunistyczna Małgorzata Fornalska. W 1993 r. została zdekomunizowana na radzie pedagogicznej. Ponieważ jej imię wyszyto złotą nicią na sztandarze szkoły, w 2006 r. został oddany do renowacji i spruto nieaktualne personalia, zaś po 2009 r. dohaftowano księżowskie i dodano jeszcze portret jego pucułowatego oblicza.
Sekretarką jest Anna Bartkiewicz, która aktualizuje także szkolną stronę internetową. W 2009 r. znalazła się ona w czołowej dziesiątce najlepszych szkolnych witryn internetowych w Polsce, wyłonionej w konkursie organizowanym przez branżowe czasopismo „Głos Nauczyciela”.
W ferie zimowe z budynku odpłatnie korzystali harcerze ze szczepu Wichry z Krakowa, a w wakacje letnie bezpłatnie oazy z Archidiecezji Łódzkiej. Od 2005 r. szkołą partnerską dla placówki w Krużlowej Wyżnej jest słowacka podstawówka z… Krużlova k. Bardejova.
Absolwentem krużlowskiej szkoły – poza Andrzejem Chronowskim oraz generałem i profesorem medycyny Aleksandrem Badowskim, o których piszemy w części o znanych ludziach – jest także Andrzej Frączek, anglista z I LO w N. Sączu, wychowawca wielu „olimpijczyków”.
W bibliotece szkolnej, która kiedyś była mieszkaniem nauczycielskim, jest ok. 7,5 tys. tomów. Bibliotekarka Dorota Kucharska zgromadził dzieła zebrane patrona szkoły – ks. Twardowskiego, który zmarł w 2006 r.
