Precyzyjna data powstania parafii w Krużlowej jest nieznana. Zapis w dokumencie z 1335 r. wskazuje, że już wtedy istniała tu parafia, należąca w 1335 r. do dekanatuNOWY SĄCZ
, w 1373 r. do dekanatu Siedliska, w latach 1470-80 ponownie Nowy Sącz, a w latach 1529 i 1596 do dekanatu Bobowa. Świętopietrze na rzecz Stolicy Apostolskiej też uiszczano przynajmniej od 1335 r. Wynosiło on wtedy z parafii 3 skojce (skojec = 1/24 grzywny = 2 grosze) i 4 denary, a w latach 1336-58, 1373-74 – 4 skojce i 7 denarów. W latach 1350-51 i 1354-55 dochody z miejscowej parafii oceniano na 1 grzywnę.
Prawdopodobnie na przełomie wieków XIV i XV, a na pewno przed rokiem 1448, w krużlowskiej parafii powstało i miało tu siedzibę bractwo księży zwane San(cti) Spiritus Decanatus Boboviensis Presbiterorum (Kapłani Dekanatu Bobowskiego Św. Ducha) lub Fraternitas Plebanorum circa fluvium Biala consistentium (Bractwo Plebanów znad rzeki Biała). Zezwolenie na jego działalność musiał wyrazić biskup krakowski Filip Padniewski, gdyż za jego zgodą bractwo posiadało swój skarbiec.
Według kroniki Jana Długosza, w latach 1470-80 biskupowi krakowskiemu płacono z łanów kmiecych w Krużlowej i Starej Wsi dziesięcinę snopkową i konopną, zaś miejscowemu plebanowi snopkową z folwarku. W 1529 r. na uposażenie plebana składały się: dziesięcina snopkowa z ról folwarcznych w Krużlowej o wartości 3 grzywien, z roli kmiecej w Starej Wsi o wartości 1 grzywny, dziesięcina pieniężna z karczmy tamże o wartości 16 groszy, meszne (opłata za odprawianie mszy) z tych wsi w ilości po 30 ćwiertni (= ok. 31 litrów, 4 ćwiertnie tworzyły korzec) żyta i owsa o wartości 8 grzywien i 21 groszy oraz klerykatura (utrzymanie dla plebana) o wartości kopy (= 60) groszy. W tym samym roku biskup krakowski mógł liczyć na dziesięcinę snopkową z łanów kmiecych w Krużlowej i Starej Wsi o wartości 24 grzywien. W latach 1551-57 świętopietrze z parafii wynosiło 4 skojce i 9 denarów.
Pierwszym proboszczem, jakiego jeszcze niedawno pamiętali mieszkańcy wsi, był ks. Wincenty Grodzicki. W młodości był zesłany na Syberię, gdzie pracował przykuty do taczek, a z katorgi wykupiłaGO ponoć rodzina. Ks. Grodzicki obok miejscowego dziedzica Reklewskiego znajdował się we władzach rady szkoły w Krużlowej Wyżnej, podobnie jak jego następca ks. Wincenty Szymanek, dzięki którego walnemu wkładowi szkoła otrzymała sztandar. Zaś kolejny proboszcz, ks. Franciszek Janik, oddał grunt na nową siedzibę szkoły. Ks. Janik uprawiał jeszcze pola, należące do parafii. Dzisiaj zostały z tego jeszcze grządki i trochę lasu. Opodal nowego kościoła stała murowana plebania, ale zawilgocona i zagrzybiona. Nowa do zamieszkania nadawała się od 1992 r.
Zasłużonym proboszczem był pochodzący z Łużnej ks. prałat Kazimierz Stępień (ur. 1935), absolwent szkoły ogrodniczej w Tarnowie i były instruktor rolny w gminie Muszyna. Zwano go wielkim budowniczym (patrz część o kościołach), zmarł w 2012 r.
Licząca ok. 3 tys. wiernych parafia skupia Krużlowe Wyżną i Niżną oraz Starą Wieś. Ze względu na znaczenie i wielkość parafii proboszczowi ks. Markowi Szewczykowi pomagają dwaj wikariusze.
Od 1997 r. organistą jest Roman Kwoka, o którego aktywności na polu popularyzacji muzyki piszemy w części o Wiejskim Domu Kultury. W starym kościele ma do dyspozycji organy miechowe, piszczałkowe, 10-głosowe. Przed 105 laty zbudował je sławny organmistrz Tomasz Fali ze Szczyrzyca. Natomiast w nowym używa się już organów elektronicznych zakupionych w 2005 r. za 25 tys. zł.
