Na fali wznoszenia tzw. tysiąclatek Nowosądeckie Przedsiębiorstwo Budowlane postawiło tu w 1962 r. imponującą jak na owe czasy piętrową szkołę z salą gimnastyczną, pierwszą taką w gminie. Załoga Huty Jedność z Siemianowic Śląskich chętnie przysyłała tutaj dzieci na kolonie letnie.
W ostatnich latach gmach przechodził liczne modernizacje. Remonty i przebudowy częściowo wiązały się z koniecznością wydzielenia miejsca dla gimnazjum, które – jak wiadomo – zostały utworzone w 1999 r. Oprócz lipniczan uczęszczają do niego młodzi mieszkańcy Bukowca. W Lipnicy udało się odseparować placówki w ten sposób, że podstawówka zajmuje parter, a gimnazjum – piętro.
1 czerwca 2006 r. bezimienny dotąd Zespół Szkół przyjął na patrona Jana Pawła II. Patrona obrano dość późno, gdyż po pierwsze – nie wypadało za życia, a po drugie – czekano aż placówka ustabilizuje się po reformie szkolnictwa oraz dokończone zostaną zasadnicze remonty. Kiedy sytuacja dojrzała, ówczesny dyrektor Tadeusz Turek z wicedyrektorką Jolantą Piotrowską podjęli działania. O ile wcześniej może brano pod uwagę kogoś innego, to po śmierci papieża nikt nie miał szans. W ankiecie wypełnianej przez uczniów, rodziców i nauczycieli kandydat nr 1 wygrał bezapelacyjnie, zaś jego rywale dostali śladowe ilości głosów. 8 listopada 2005 r. biskup tarnowski ks. Wiktor Skworc wyraził zgodę, a w skład komitetu weszli wójt Jan Budnik, proboszcz ks. Albin Samborski, dyr. Turek i Maria Jaworecka, kilkunastoletnia przewodnicząca rady rodziców.
Na nadaniu imienia obecni byli m.in. senator Stanisław Kogut i bp Skworc, który pobłogosławił ufundowaną przez wójta Budnika tablicę poświęconą patronowi. Jej autorką była uczennica Aleksandra Brończyk z Bukowca, zresztą córka ówczesnego dyrektora tamtejszej podstawówki, obecnie już zlikwidowanej. Wygrała konkurs na projekt, ale wykonawca zażądał zaświadczenia na piśmie, że nie ma z tym projektem nic wspólnego poza realizacją. W ten sposób chciał zapewne wymusić odstąpienie od pomysłu uczennicy na rzecz… czyjegoś innego i jednocześnie odciąć się od odpowiedzialności, podważając artystyczny wymiar dzieła.
Od czasu wyboru patrona delegacje z Lipnicy biorą udział w dorocznych zjazdach szkół im. Jana Pawła II w Częstochowie. Równocześnie z nadaniem imienia zespół otrzymał sztandar. 294 darczyńców uzbierało na ten cel 6006 zł i 20 groszy, a 1550 zł dołożyła szkoła, za co opłacono m.in. bobowską hafciarkę panią Śliwę.
W przeszłości naukę w roku szkolnym rozpoczynało i ponad 300 uczniów, ale od tego czasu liczba ta spadła, mimo iż naukę rozpoczynają coraz młodsze dzieci, dla których urządzono plac zabaw. 24 października 2011 r. nastąpił techniczny odbiór Orlika, składającego się z dwóch boisk o sztucznej nawierzchni z poliuretanu: piłkarskiego i wielofunkcyjnego.
W szkole funkcjonuje UKS Start. Jego prezesem jest Tadeusz Łatka, o którym piszemy w części o sporcie we wsi. Oprócz siatkówki halowej uprawiana jest także plażowa, do czego służy boisko-piaskownica, sprokurowane ze środków gminnych. Piasek rozsypano na folii, żeby trawa i chwasty nie mogły zapuścić korzeni.
Wuefistą w Zespole Szkół jest były już dyrektor Tadeusz Turek, który wychował się przy szkole, którą teraz kieruje, gdyż mieszkał w pobliskim Domu Nauczyciela, jako że jego matka Zofia przez 36 lat uczyła tu matematyki. Turek ma uprawnienia instruktora siatkówki i jest trenerem drużyn UKS-u, ponadto jest kibicem siatkówki i razem z rodziną jeździ do Muszyny na mecze ekstraklasy kobiet.
Zaś inny wuefista Wojciech Małyk, mąż wokalistki Rasm Al-Mashan, o której piszemy w części o znanych ludziach, zresztą były siatkarz Dunajca i AZS Nowy Sącz, wychowanek Tadeusza Turka i absolwent szkoły, w której teraz razem pracują, organizował wyjazdy na mecze siatkarskiej Ligi Światowej, jeśli odbywały się w katowickim Spodku.
Do 1999 r. dyrektorką była Stanisława Rój z Grybowa. Do Lipnicy trafiła w 1959 r. i uczyła j. polskiego. Mieszkała w zbudowanym na początku lat 60. Domu Nauczyciela przy szkole. Wcześniej dyrektorami szkoły w Lipnicy byli także jej mąż Władysław i teść Bronisław.
Od 2013 r. następcą Tadeusza Turka, który potrafił wygrywać plebiscyty na najlepszego dyrektora szkół w gminie Korzenna, został inż. Marcin Wojnarowski…