W 1519 r. Tomasz Trzecieski, syn zmarłego Adama z Trzycierza i Mojkowic, sprzedał za 200 florenów stryjowi Tomaszowi Trzecieskiemu z Niecwi swój udział w Lipnicy odziedziczony jako tzw. dobra martwej ręki po zmarłym stryju Janie. W 1521 r. brat Tomasza z Trzycierza i Mojkowic – Andrzej Trzecieski sądownie potwierdził tę transakcję. W 1539 r. ten ostatni był dziedzicem Lipnicy Dolnej.
W 1530 r. pobór czynszów w Lipnicy odbywał się z 14 łanów (1 łan = niespełna 20 ha) ziemi uprawnej, karczmy z półłankiem, dwóch jednokołowych młynów dorocznych i od jednego komornika.
W XVI-wiecznym Krakowie Jan Trzecieski był znanym uczonym, posługującym się trzema językami starożytnymi: greką, łaciną i hebrajskim. Trzeciescy posiadali w tym okresie dobra w okolicach Proszowic i Biecza, a na Sądecczyźnie należały do nich obecny Trzycierz (wtedy Trzecież), Niecew (wówczas Nieczew), Jasienna i właśnie Lipnica.
Trwało to do 1557 roku. Tomasz Trzecieski, ostatni przedstawiciel rodu, ożenił się z Katarzyną Jordan z Zakliczyna, z którą nie mieli męskiego potomka, lecz córkę Agnieszkę, którą wydano za Krzysztofa(ora) Pieniążka z Krużlowej, najmłodszego syna kasztelana sądeckiego Jana starszego. Ów Krzysztof(or) zginął w 1580 r. w walkach o dobra rodzinne ze starszym bratem Janem młodszym.
Kolejnymi właścicielami feudalnymi Lipnicy były więc rody Pieniążków herbu Odrowąż, a od 1589 r. Jordanów herbu Trąby. Później Lipnica stawała się własnością już nie tak znamienitych rodzin, m.in. Wojnarowskich, Gołuchowskich (1629 r.), jeszcze w XVII w. należała do Chrząstowskich (w skład ich majątku wchodził dwukołowy młyn) i równocześnie Wielogłowskich (ci z kolei posiadali młyn z jednym kołem). W 1712 r. właścicielami byli Taszyccy herbu Strzemię jak Trzeciescy, ok. 1760 r. Grabowieccy, w latach 1779-1835 Józefa Wyszkowska secundo voto Kurdwanowska, od 1856 r. Apolinary Zieliński, a po nim już Długoszowscy herbu Wieniawa (wspomnimy o nich w części o cmentarzu).
W 1770 r., a więc jeszcze na dwa lata nawet przed pierwszym rozbiorem Rzeczpospolitej, Ziemia Sądecka, a w niej Lipnica, została przez austrowęgierskie cesarstwo habsburskie włączona do Królestwa Węgierskiego.
Co pewien czas w lipniczanach odzywały się krwiożercze instynkty. O pogromie arian napiszemy w części o tzw. krucjacie lipnickiej, natomiast tu dodajmy, że krew miejscowych panów przelano również w 1846 r. w ramach antyfeudalnej tzw. rabacji Jakuba Szeli. W ciągu zaledwie kilku dni w pięciu obwodach Galicji Zachodniej zaatakowano wtedy ponad 400 dworów, a w pogromach zginęło ok. tysiąc „dziedziców, dzierżawców i oficjalistów”, w tym także osoby postronne i przypadkowe.
Na Sądecczyźnie grabieży uległy dwory m.in. w Białej Niżnej, Gródku k. Grybowa, Jasiennej (o ofiarach śmiertelnych stamtąd piszemy w haśle poświęconym tej wsi), Korzennej, Lipnicy Wlk., Łyczanej, Niecwi, Podolu (zginął tu szlachcic Traszewski), Stróżach i Wojnarowej. Hersztem zbójców na Sądecczyźnie był niejaki Koryga z Ciężkowic.
Lipnica Wlk. należała wtedy do Joanny Żdżańskiej, której 24-letni syn Stanisław wpadł „w ręce bandy i najokropniej zamordowany został”, jak napisał rządca z Bruśnika Nikodem Gojski – naoczny świadek rabacji. Ponadto zamordowano we wsi syna sędziego Głowackiego. Natomiast nieprawdą jest – jak podano w książce „125 lat OSP w Lipnicy Wlk.” – jakoby zabito tu także Jana Kamińskiego i Jana Grabczyńskiego, bowiem ich okrutnie zgładzono akurat w pobliskiej Jasiennej (patrz hasło o tej wsi).
Jak napisano w „Historii Polski 1795-1864”: „Chłopi dali się użyć za narzędzie biurokracji austriackiej i przyczynili się do upadku powstania krakowskiego”. Powstanie krakowskie było narodowowyzwoleńczym i niepodległościowym wystąpieniem Polaków przeciwko zaborcy na fali podobnych wydarzeń, jakie zbiorczo nazywamy Wiosną Ludów. W połowie XIX w., a więc zaledwie półtora wieku temu, chłopi nie posiadali jeszcze świadomości narodowej i w zbrodniczy sposób opowiedzieli się za zaborcą.
Lipnicy nie ominęły ciężkie terminy. Tylko w 1847 r. zmarło tu na cholerę 165 osób, a z głodu 59. Średnia wieku wtedy zmarłych wynosiła 30 lat, a była poważnie zaniżona głównie wskutek wysokiej śmiertelności zwłaszcza dzieci. Zmarłych było tak dużo, że grzebano ich w zbiorowych grobach.
W 1885 r. Lipnica liczyła 1638 mieszkańców i na Sądecczyźnie wśród osiedli wiejskich ustępowała pod tym względem jedynie Krynicy Wsi (1889 osób). W 1928 r. z 1989 mieszkańcami wyprzedziła nawet Krynicę Wieś (1778), ale znalazła się za Łąckiem (2001), zaś w 1931 r. spadła na trzecie miejsce: Krynica Wieś 3254, Łącko 2179, Lipnica 2172. Obecnie znów ma poniżej 2 tys. mieszkańców.
Może dlatego ludzie chętnie się tu osiedlali, że występowały tu pokłady gliny. Powstawały więc małe cegielnie, których wyroby służyły jako łatwo dostępny materiał budowlany.
W 1908 r. ks. Ludwik Ligaszewski (zasłużył się także dla OSP, o czym będzie mowa w stosownej części) założył Koło Rolnicze, które miało unowocześnić miejscową gospodarkę rolną. Sprowadzono zatem bardziej plenne odmiany zbóż i ziemniaków oraz zakupiono trochę maszyn do wspólnego użytku.
Na I wojnę światową wzięto do wojska austriackiego tak wielu lipnickich chłopów, że niektóre gospodarstwa musiały zatrudniać serbskich parobków „jakoPOMOC
w gospodarstwie i nie tylko…”. Ciekawe, co miał na myśli autor kroniki parafialnej, z której cytujemy te ostatnie słowa?
Lipnica była ośrodkiem ruchu ludowego. Pochodził stąd Franciszek Piątkowski (1887-1922), który wyedukował się na Uniwersytecie Jagiellońskim w prawie i został rejentem (notariuszem), a przed i w trakcie I wojny światowej doradzał członkowi rady naczelnej Polskiego Stronnictwa Ludowego Józefowi Kubiszowi, który w 1919 r. przewodził parcelacji majątku dworskiego w rodzinnej Łyczanej. Piątkowski po wybuchu I wojny światowej też zamieszkał w Łyczanej, udzielał okolicznym chłopom bezpłatnej pomocy prawnej, pisał artykuły do czasopisma „Piast”, w 1918 r. został komisarzem odrodzonego państwa na powiat nowosądecki, a potem starostą w Limanowej i referentem prawnym przy prezydium rządu premiera Wincentego Witosa.
W okresie międzywojennym czołowymi działaczami ludowymi byli m.in. Józef Olszyński, Antoni Kiełbasa i Melchior Łatka. Koło Stronnictwa Ludowego z Lipnicy było jednym z organizatorów marszu na Krynicę w 1936 r. i strajku chłopskiego w 1937 r.
Sytuacja była napięta. W kronice parafialnej znajduje się zapis: „Chłopi postanowili ruszyć na Krynicę w liczbie na razie ok. 150 osób i wymusić na prezydencie należny udział w rządzie”. Chodziło o wywarcie presji, aby rząd łaskawie zaczął respektować interesy wsi. Ponieważ marsz zakończył się niepowodzeniem, w drodze powrotnej rozeźleni chłopi uradzili „napaść na miejscowe i okoliczne dwory, plebanie i szkoły, aby na zawsze unieszkodliwić tych gospodarzy hamujących myśl wolną i postęp życia”. Do powtórki rabacji z 1846 r. jednak nie doszło: „Po powyższych pogróżkach nie usiłowano ich realizować”.
We wsi istniała Spółdzielnia Spożywców Przyszłość. Na wieść o wybuchu II wojny światowej jej najcenniejsze towary – po uprzedniej inwentaryzacji – rozdano na przechowanie członkom zarządu i rady nadzorczej. Przodownikiem Samoobrony Obywatelskiej został Władysław Brzóska. W czasie okupacji istniał ruch oporu, którego najaktywniejszym członkiem był Józef Olszyński ps. Kamień, przewodniczący powiatowej trójki Ruchu Obrony Chłopów (ROCh), działacz podziemnej organizacji ludowej Las, członek lokalnego dowództwa Batalionów Chłopskich, redaktor ulotek, a od 1944 r. także drukowanej w Bukowcu gazetki konspiracyjnej „Zarzewie”, uczestnik gorlickiej narady ROCh i BCh z jednej strony oraz reprezentowanych przez Władysława Gomułkę PPR i Gwardii Ludowej z drugiej, zaś po wojnie sekretarz Naczelnego Komitetu ZSL i poseł na Sejm PRL w latach 1957-71. We władzach ruchu ludowego na Sądecczyźnie w czasie okupacji niemieckiej znajdował się także inny lipniczanin – Jan Żarowski.