Staropolski kronikarz Jan Długosz odnotował tu drewniany kościół parafialny Narodzenia NMP już w latach 1470-80. Również dokument z 1486 r. potwierdza, że był tu już kościół – przetrwała nawet kamienna chrzcielnica właśnie z tego roku. Lecz napis w sieni modrzewiowego kościoła głosi, że wystawionoGO
RP [Roku Pańskiego] 1520. Ze źródeł wiadomo, że ufundował go miejscowy możnowładca Jan Pieniążek (ok. 1470-po 1532), o którym obszernie piszemy w części poświęconej Krużlowej w Średniowieczu. Gotycka świątynia najpierw składała się tylko z nawy z kasetonowym stropem zdobionym rozetami (podobno pod tym względem wzorowano się na Wawelu) i prezbiterium zbudowanych na planie prostokąta, dopiero później dostawiono dzwonnicę (zawieszono w niej dzwony Urban z 1454 r. i Jan), murowaną zakrystię (jeszcze w 1851 r. napis nad drzwiami do niej brzmiał „Krzysztof Pieniążek wystawił”), kaplicę boczną i kruchtę.
Oryginał słynnej rzeźby Madonny wywędrował do Muzeum Narodowego (patrz osobna część o tym arcydziele), ale w Krużlowej pozostał obraz Przemienienia Pańskiego wzorowany na bizantyjskim, obowiązującym w prawosławiu, tzw. mandylionie z Edessy. O ile bowiem chrześcijaństwo zachodnie okrutnie zwalczało kiedyś bałwochwalstwo (m.in. oddawanie czci obrazom świętym), to w obrządku wschodnim było to dozwolone. Badacze twierdzą, że popularny na Sądecczyźnie kult Przemienienia Pańskiego jest spuścizną prawosławną pozostawioną przez ludność rusińską, osadzoną w XV w. przez biskupów krakowskich w należącym do nich tzw. kluczu muszyńskim.
Nie wiadomo, skąd i jak w Krużlowej wziął się ten namalowany na desce lipowej obraz w stylu staroruskiejIKONY. Jest renesansowy, ale potem dorobiono mu barokową koronę ze srebrnej blachy przybitej gwoździami, usuniętą w trakcie konserwacji w latach międzywojennych. Pochodzi z przełomu wieków XV i XVI, ale obecnie na pierwszym planie widoczne jest przemalowanie z XVII w., natomiast oryginalne znajduje się pod spodem. Na dowód tego międzywojenny konserwator Józef Edward Dutkiewicz odsłonił spod wierzchniej warstwy farby prawe ucho Jezusa, zaś w trakcie konserwacji przeprowadzonej w 2001 r. w pracowni Magdaleny i Stanisława Stawowiaków odsłonięto dla symetrii także lewe. A uszy ten wizerunek ma nienaturalnie małe…
Z kolei poprzez powiększenie lewego oka autor osiągnął wrażenie jakby Chrystus wodził wzrokiem za widzem, niezależnie od tego, skąd obserwator patrzy. Malarz zastosował także efekt światłocienia, dający pozór trójwymiarowości. Ponieważ obraz zasłynął łaskami, po 1766 r. przeniesionoGO z ołtarza bocznego do głównego.
Oprócz kaplicy Reklewskich, o której wspominany w części poświęconej okresowi nowożytnemu w historii wsi, przy zmontowanym kiedyś bez użycia gwoździ kościółku znajduje się jeszcze jeden ciekawy obiekt. W zewnętrzną ścianę wmurowana jest zagadkowa płyta. Być może jest to nagrobek przedwcześnie zmarłego dziecka miejscowych dziedziców.
O drewniany kościółek dbano – w „Tece grona konserwatorów Galicyi Zachodniej” z 1900 r. napotykamy na wzmianki o jego odnowieniu w latach 1785 (dokonała tego wtedy podczaszyna gostyńska Barbara Leszczyńska) i 1894-97. Dowodem są także tabliczki w jego sieni. Pierwsza głosi: „Znaczną a szczerą ofiarą gromad Krużlowej Niżnej i Wyżnej i Starej Wsi powtórnie a gruntownie odnowiony RP [Roku Pańskiego] 1942”.
Na drugiej zaś czytamy, że środki na remont zewnętrzny kościoła w latach 2007-2009 wyasygnowały:MINISTERSTWO KULTURY i Dziedzictwa Narodowego kwotę 373 150 zł, wydział funduszu kościelnego departamentu wyznań religijnych i mniejszości narodowych i etnicznych Ministerstwa Spraw Wewnętrznych i Administracji – 95 tys. zł, marszałek województwa małopolskiego – 120 tys., gmina Grybów – 40 tys. i parafia Narodzenia NMP w Krużlowej – 106 tys. Zaś na renowację i konserwację wewnętrzną w latach 2005-2010 wydano z kasy marszałka wojewódzkiego 55 tys. zł, starostwa nowosądeckiego – 22 tys. oraz parafii – 39 tys.
Remont obejmował także… prostowanie wieży kościelnej. Przechyliła się bowiem już ze starości o 20 cm. Zaś dach pokryto blachą miedzianą.
Na kolejnych tabliczkach znajdują się informacje, że konserwacja polichromii kosztowała w 2005 r. 10 tys. zł z budżetuWOJEWÓDZTWA małopolskiego, zaś na remont w 2009 r. przeznaczono z kasy samorządu woj. małopolskiego 70 tys. zł.
Na przełomie lat 80. i 90. ówczesny proboszcz ks. Kazimierz Stępień doprowadził do ukończenia kaplicy pw. Chrystusa Dobrego Pasterza o gabarytach kościoła (jest nawet dwupoziomowa!) w Starej Wsi. Ks. Stępień mówił, że wcześniej, jeszcze za proboszcza Janika, istniał plan postawienia w tym miejscu połemkowskiej cerkwi, nawet skądś ją sprowadzono, ale ostatecznie nie postawiono, gdyż zapewne nie udało się uzyskać zezwolenia od antyklerykalnych władz. Część materiału z cerkwi zapewne zużyto na inne budynki, a resztę niestety spalono.
Przenoszenie cerkwi w inne miejsca i adaptowanie na kościoły nie było w tych czasach czymś niezwykłym, np. tak samo uczyniono z cerkwią z Kamiannej zainstalowaną w Bukowcu. Ks. prałat Mieczysław Czekaj z Boguszy, znawca przeszłości łemkowskiej, domniemywa, że cerkiew sprowadzona do Starej Wsi mogła pochodzić z Czertyżnego, nieistniejącej już dzisiaj wioski koło Izb. Po akcji „Wisła” tamtejszą cerkiew bowiem rozebrano i wywieziono furmankami w nieznanym kierunku. Uczyniono to tak pospiesznie, że w tym bałaganie zapomniano w trawie ołtarz. Ten porzucony ołtarz znajduje się teraz w cerkwi w Banicy.
Cerkiew przywieziona do Starej Wsi mogła też pochodzić z Binczarowej. Poeta łemkowski z Krynicy-Zdroju Piotr Trochanowski (Petro Murianka) opowiadał bowiem o tamtejszej cerkwi prawosławnej rozebranej po wysiedleniu Łemków i wywiezionej gdzieś pod Grybów…
Zaś w Krużlowej Wyżnej ks. Stępień wystawił jeszcze bardziej okazałą świątynię, rozległą, wręcz monumentalną plebanię oraz przedszkole i w ten sposób całkiem na nowo uformował centrum wsi. Budowa nowego kościoła rozpoczęła się w 1987 r. według projektu arch. Jana Okowińskiego z Nowego Sącza. Poświęcony przez Jana Pawła II kamień węgielny wmurował ks. bp Józef Gucwa w 1990 r. Dolny poziom spektakularnie zadebiutował w 1998 r., bowiem na inaugurację odbyły się prymicje i to od razu potrójne: ks. Edwarda Marcinkiewicza (potem wikariusz na parafii w Bystrej k.GORLIC), ks. Macieja Śmigacza (potem u św. Jakuba w Brzesku) i ks. Krzysztofa Sapalskiego (potem duszpasterz w diecezji lwowskiej na Ukrainie). Z drewnianego kościółka przeniesiono obraz Chrystusa, tworząc w ten sposób Sanktuarium Przemienienia Pańskiego, a jego konsekracji dokonał w 2003 r. biskup tarnowski ks. Wiktor Skworc.
Kryty miedzią kościół powstał w miejscu rozebranych w 1987 r. XIX-wiecznych, drewnianych zabudowań gospodarczych, w tym spichlerza i stajni, dawniej wchodzących w skład folwarku parafialnego.
W nowym kościele znajdują się trzy dzwony: Jan Paweł II ufundowany przez Marię i Stanisława Jachowiczów, Maryja Piękna Madonna z Krużlowej sfinansowana przez gminę Grybów oraz Przemienienia Pańskiego. Z kolei sygnaturka jest darem ks. Stępnia i ówczesnego wikarego ks. Stanisława Celusty, który po latach został rezydentem w Świniarsku.
Ostatnie prace przy starym i nowym kościele to zasługa obecnego proboszcza ks. Marka Szewczyka. Do nowego kościoła prowadzą już schody granitowe, przybyły arkady, powstało ogrodzenie.