Powołano ją 4 listopada 1950 r., a do jej powstania przyczynił się ks. Franciszek Mazur z Lipnicy Wielkiej. Wcześniej mieszkańcy Bukowca należeli do parafii w Lipnicy Wlk., Bruśniku i Paleśnicy.
Jan Długosz zanotował, że w latach 1470-80 dziesięcinę pieniężną z łanów kmiecych płacono stąd biskupom krakowskim. W 1529 r. dziesięcina uiszczana biskupowi krakowskiemu wynosiła z Bukowca i Żebraczki 1 grzywnę, 18 groszy i 12 denarów, prawdopodobnie rocznie, zaś plebanowi z Lipnicy Wlk. należało się tzw. meszne, czyli wynagrodzenie za odprawianie mszy.
Dzisiaj parafia bukowiecka obejmuje nie tylko sam Bukowiec, lecz także fragmenty wsi Falkowa (nie mylić z podsądecką!), Jamna, Jasienna, Lipnica Wlk. i Siekierczyna (nie mylić z limanowską!).
Część z tych parafian mieszka zatem już w powiecie tarnowskim – w tym przypadku bowiem podział administracyjny kraju nie pokrywa się z podziałem kościelnym. Także w powiecie tarnowskim znajduje się nowy kościół na górze Jamna. Formalnie podlega on proboszczowi z Bukowca, ale jego faktycznymi gospodarzami są dominikanie z założonego przez ojca Jana Górę ich znanego ośrodka duszpastersko-rekolekcyjnego.
W 2014 r. tarnowska kuria diecezjalna zadecydowała, że ks. Janusza Rozuma zastąpi na probostwie ks. Janusz Ul. Na sąsiadującym z kościołem cmentarzu pochowany jest zmarły w 1974 r. pierwszy proboszcz i organizator parafii w Bukowcu – śp. ks. Józef Bocheński.